Honderden jaren voor het verhaal van Lenneth hebben de goden een andere saga verborgen. De walkure Silmeria was ooit loyaal aan Odin, maar nadat een incident zorgde voor een conflict, incarneerde Odin haar als mens. De menselijke ziel die Silmeria's ziel zou dragen was Alicia, prinses van Dipan. Normaal gesproken had Silmeria's bewustzijn weggestopt moeten zijn, haar geest in slaaptoestand totdat ze werd opgeroepen door de goden. Door de gedwongen migratie ontwaakte Silmeria's geest echter in Alicia, waardoor twee zielen in één lichaam zitten. Deze tweede Valkyrie Profile-game introduceert het nieuwe Photon Action System en voegt dit toe aan de klassieke side-scrolling actie die ook in de eerste game te vinden is. Photons breiden de actie uit en resulteren in uitdagende puzzels. Ook "sealstones" is een nieuw gameplayelement. Deze beïnvloeden de natuurwetten in kerkers en brengen daardoor meer strategie in het spel.